Омский нефтеперерабатывающий завод был введён в эксплуатацию 1 сентября 1955 года. Его строительство велось почти пять лет. Ещё в 1949 году было принято решение о создании данного предприятия. Необходимость его возведения заключалась в том, что завод должен был обеспечивать горюче – смазочными материалами не только Западную Сибирь и Урал, но и другие территории нашей страны. Поставки нефти для нового предприятия осуществлялись железнодорожным транспортом из Башкирии. И уже 18 сентября 1955 года была отгружена первая тонна продукции – дизельное топливо, которое было произведено на Омском НПЗ. В первый год работы на предприятии было переработано 280 тысяч тонн нефти. Одним из важных достижений в работе предприятия стало расширение ассортимента нефтепродуктов до четырёх наименований.
Александр Моисеевич Малунцев стал первым директором Омского НПЗ. Активное строительство и пуск новых установок велись именно при данном руководителе. Заметным оказался и его вклад в строительство и развитие городка Нефтяников. В тот период рядом с НПЗ стали появляться городские микрорайоны, где для работников было построено комфортное жильё. Также были построены детские сады, школы, больницы и культурные объекты.
Омский нефтеперерабатывающий завод в 1964 году переживал новый импульс своего развития. В этом году начались поставки нефти с тюменских разведанных месторождений. При этом на заводе были запущены новые технологические установки. Это способствовало увеличению переработки нефти и увеличению ассортимента выпускаемой продукции до сорока наименований.
В 70- е годы Омский НПЗ осваивал производство кокса и другой продукции, включая смазочные материалы пригодные для эксплуатации в условиях Крайнего Севера. В середине 70-х годов предприятие стало лидером в области нефтепереработки на территории всей страны.
1983 год ознаменовался для предприятия введением в эксплуатацию комплекса ароматических углеводородов. К числу последующих достижений предприятия относится завершение строительства комплекса глубокой переработки мазута в 1994 году.
В состав компании «Газпром нефть» Омский НПЗ вошел в 2006 году. И уже в 2008 году на предприятии была запущена крупномасштабная программа модернизации. Её целью стало создание фактически нового предприятия, которое должно стать лидером данной отрасли.
Миллиардная тонна нефти на Омском НПЗ была переработана в 2011 году. Программа масштабной модернизации предприятия продолжается. Омский нефтеперерабатывающий завод является лидером по объёмам нефтепереработки в отечественной отрасли. Знаменательным событием для предприятия стал его 60 летний юбилей в 2015 году.