К середине века дацан стал одним из крупнейших в Забайкалье буддийских университетов. Даже в самом его названии «Чойде ченбо Дэчен Лхундублинг» подчеркивается университетский уровень монастыря.
Освященный Агинский дацан получил название в честь Дырестуйского — «Дэчен Лхундублинг».
В монастыре обучали основам буддизма, тибетскому и монгольскому языку, географии, медицине, астрономии, астрологии, философии. Кроме того, здесь печатали различные книги: по буддийской философии, логике, медицине, астрономии, астрологии, тантрические трактаты на тибетском, бурятском и монгольском языках. Эта огромнейшая буддийская библиотека в дацане «Дэчен Лхундублинг» , а также его печатный цех не имели тогда себе равных во всем Забайкалье. Именно в монастырском комплексе были изготовлены уникальные творения: 48000 ксилографических досок с текстами, а также 592 доски с рисунками и культовыми изображениями. Все делалось строго по традициям и устоям этой древней религии. Возьмем, к примеру, порядок проведения обучения. Все учебные дисциплины, которые проходили будущие монахи и ламы, в Агинском дацане соответствовали традициям знаменитого тибетского монастыря Лавран в Амдо. В монастырском комплексе находятся соборный храм, а также ступаю. Соборный храм, был посвящен Будде Шакъямуни, имеет высоту в 3 этажа. Но, кроме того, его строительство его шло с 1875 года по 1886 годы. А вот строительство ступы «Гендун Чойдэн» датируется 1926-1929 годами, как раз эпоха «красных». «И как еще строительство не было остановлено» — спросите вы. Но сомнения не беспочвенны, уже в 1933 году ступа будет разрушена. После этого Агинский дацан был закрыт.
Через год после победы СССР в Великой Отечественной войне, Агинский дацан был вновь открыт.
В 2004-5-х годах ступу «Гендун Чойдэн» воздвигли вновь. Теперь высота ее составляет целых 22 метра. Поговаривают, что она самая высокая в России. Верх Гендун Чойдэн увенчан золоченым соембо — символом взаимосвязи человека и космоса.
Однако, совсем недавно, в мае этого года произошло возгорание главного здания дацана. В результате пожара два верхних, деревянных, этажа сгорели. Но обитатели монастыря верят в то, что в скором времени Агинский дацан будет восстановлен и вновь обретет свою красоту и гармонию.