До начала XX века вода в озере была чистой и в народе считалась целебной. Длительное время озеро было источником питьевой воды для жителей окрестного района. Из него же брали воду для тушения пожаров.
В 1870-х годах озеро углубили, придали форму правильного овала, убрали из середины торфяной остров, обсадили деревьями. Летом на озере устраивались купальни, а зимой — катки.
В годы Великой Отечественной войны озеро стало использоваться заводом «Томкабель» как технический водоём. В 1950-х годах загрязнённую воду спустили, дно очистили. Вокруг озера были высажены клены.
Осенью 1978 года в сквере на берегу Белого озера был установлен бронзовый бюст уроженцу Томска — космонавту Николаю Рукавишникову.
Существует несколько версий происхождения названия озера. По наиболее правдоподобной версии озеро получило имя «Белое», потому что стояло в окружении белоствольных берёз. Другая версия заключается в том, данное озеро было местом обитания белых лебедей. Существует еще одна история происхождения названия озера — это то, что вокруг озера росло много тополей и летом, в период падания тополинного пуха вся поверхность озера от пуха становилась белой. Эта версия выглядет довольно сомнительной, так как топоним старый, а тополя в Сибири в природе не растут. Ещё одна версия связана с тем, что озеро считалось лечебным и его вода исцеляла от глазных болезней, слепые могли увидеть «белый свет».