Новую Преображенскую церковь от прежних отличало богатое убранство, красивый иконостас. Градоякутская церковь была в достаточном количестве оснащена церковной утварью и облачениями.
К новой церкви были приписаны несколько сел Якутии. Для совершения богослужений священникам приходилось отправляться в короткие путешествия по якутской земле.
Очень долгий промежуток времени настоятелем Градоякутской Спасо-Преображенской церкви был известный миссионер и просветитель протоиерей Дмитрий Хитров. После принятия им в 1868 году монашества, стал первым епископом Якутским и Вилюйским Дионисием.
Именно Дионисий является автором древних переводов на якутский язык Священного Писания, богослужебных и духовно-нравственных книг. Епископа Якутского и Вилюйского также считают одним из основоположников создания грамматики якутского языка.
Периодически Торжественная Литургия в Преображенской церкви совершалась на якутском языке. Конечно же, это не могло не заинтересовать местное население. И в храм приходило множество богомольцев, проживающих с самого рождения на землях Якутии.
Кроме Преображенской церкви были в Якутске и еще храмы. Например, в Ильинской церкви, что находилась рядом со Спасо-Преображенской, совершались богослужения в летний период времени. Эта церковь была деревянная и стройная.
Богатое убранство и великолепие Преображенской церкви можно объяснить только одной вещью. Ее прихожанами были и знатные горожане и простые якуты. Но связывало их одно – любовь и вера. Разные слои якутского населения очень любили свою церковь, ведь с ней были связаны все главные события в жизни. Поэтому, прихожане Преображенской церкви с каждым приходом старались еще более благоукрасить Божий дом.
В годы установления красного режима, после свершившейся Октябрьской революции, увы, Преображенская церковь разделила печальную и трагическую судьбу многих православных храмов по всей России.
В 1930 году храм закрыли. Преображенская церковь, что только не вытерпела: она была разрушена и осквернена. Здесь находились всевозможные организации. Самой последней под куполом церкви находилась библиотека. За более чем полувека храм потерял весь свой внешний облик. Приехавшему на экскурсию в Якутск было совсем непонятна судьба этого здания, потому что практически все горожане даже и не подозревали, что полуразрушенное и заброшенное здание – это бывшая обитель Христа.
В 1993 году открылась вновь Якутская епархия. В дальнейшем это событие позволило вернуть к жизни разоренный храм.
Через год состоялась передача здания бывшего храма епархии.
И вот после этого торжественного события началась работа по возрождению Преображенской церкви. Этот процесс велся при содействии администрации города Якутска. В юбилейный 2000-й год от Рождества Христова развернулись масштабные работы.
При участии АК «АЛРОСА», как главного спонсора, а также строительства силами строительного комитета епархии почти за год была проделана огромная работа по возвращению храма к жизни.
Первый молебен в возрожденной церкви прошел в новогоднюю ночь под новый 2001 год. Вы не поверите, но Преображенский храм вырастал и украшался на глазах горожан буквально ежедневно. А трудились на его строительстве от мала до велика, работали люди самых разных национальностей. И старания не прошли даром. Свершилось чудо. Возрождение святыни произошло. И вновь Градоякутская Преображенская церковь стала главным украшением исторического центра города Якутск.