Музей геологии, нефти и газа был открыт для посетителей в 2003 году. Главные экспозиционные идеи музея были определены доктором геолого-минералогических наук, действительным членом Российской Академии естественных наук Владимиром Ильичем Шпильманом и геофизиком, одним из первооткрывателей крупнейшего в мире Самотлорского месторождения Леонидом Николаевичем Кабаевым.
За одиннадцать лет, 2003-2014 годы, прошедших с момента поступления первого предмета, музейные фонды составили более 34 тысяч предметов.
Сегодня фонды Музея располагают коллекцией минералов из 1655 образцов, в том числе: коллекцией горного хрусталя месторождений Додо и Пуйва Приполярного Урала (вес самого большого минерала 300 кг); собранием кернов Берёзовской опорной скважины Р-1, открывшей сибирский газ в 1953 году. Значительную часть музейного собрания составляют документы и фотографии, связанные с историей развития нефтегазодобывающей отрасли в Западной Сибири.
Фонды музея распределились по следующим коллекциям:
- Минералогическая коллекция.
- Палеонтологическая коллекция
- Ювелирно-поделочные камни
- Драгметаллы
- История техники
- Археологическая коллекция
- Коллекция фалеристики
- Коллекция нумизматики
- Коллекция бумажных денежных знаков
- Коллекция оружия
- Декоративно-прикладное искусство
- Документальный фонд
- Книга, периодика
- Изобразительные материалы
- Фото-фонд
- Карты, схемы
- Аудио-визуальные материалы
- Вещевая коллекция