Транспортное обеспечение у Нерюнгри довольно хорошее. Город стоит на Амуро-Якутской железнодорожной магистрали, также через него проходит Амуро-Якутская автомобильная магистраль. Железнодорожные станции — «Нерюнгри-Пассажирская», «Нерюнгри-грузовая» и «Угольная». Аэропорт города находится близ посёлкаЧульман, в 35 км от Нерюнгри.
Нерюнгри включён в железнодорожную сеть страны. Станция Нерюнгри-пассажирская является конечной станцией Дальневосточной железной дороги (Тындинское отделение). На север по АЯМу Нерюнгри связан железнодорожным сообщением с городами Алдан и Томмот. От станции Нерюнгри курсируют:
- Поезд № 325 Нерюнгри — Хабаровск, пассажирский, ежедневно;
- Поезд № 77/78 Нерюнгри — Новосибирск, скорый, через день; дополнительно ВБС до Барнаула и Бийска;
- Поезд № 657/658 Нерюнгри — Тында, рабочий, ежедневно;
- Поезд № 324/323 Нерюнгри — Томмот, местный, ежедневно;
- Поезд № 75/76 Нерюнгри — Москва, скорый, через день;
- Несколько беспересадочных вагонов к поезду № 97/98 Тында — Кисловодск, скорый, дважды в неделю;
- Беспересадочный вагон к поезду № 81/82 Тында — Благовещенск (курсирует от Томмота), скорый, через день.
Нерюнгри имеет авиасообщение с Москвой, Иркутском, Якутском, Хабаровском, Новосибирском.
Пригородное автобусное сообщение: Чульман, Серебряный бор, Иенгра, Беркакит, Хатыми и др. Ранее имелось междугороднее автобусное сообщение с Алданом и даже Якутском.
