Арахлей отличается от своих озерных братьев значительными глубинами. Например, наибольшая глубина составляет 19,5 м в северо-восточной части озера. А вот в центральной части озера глубины более 16 м. В северной части озера прослеживается быстрое нарастание глубин. В южной части озера дно пологое с постепенным увеличением глубин к центру озера.
В зоне берега дно озера отличается песчано-галечниковым характером. Там, где глубина составляет 3-5 метров, дно песчано-илистое. Остальная же территория дна покрыта илом органического происхождения.
В Арахлей впадают две небольшие реки — Домка и Грязнуха (Шаборта). Из озера вытекает также ручей Холой, впадающий в озеро Шакшинское.
Вода в Арахлее очень мягкая. Северо-восточные его берега очень подойдут для рыбаков, а вот южный берег очень подходит для пляжного отдыха.
Вода в озере кристально прозрачная, когда на Арахлее в штиль, толща просматривается на 3-4 метра. Лед окончательно освобождает поверхность озера только в начале июня, поэтому, Арахлей еще летом похож на арктический водоем. Но уже к концу месяца температура воды поднимается выше 20 градусов и уже можно смело ехать к берегам этого прекрасного озера.
Но есть еще у озера и полезные свойства, кроме как вносить гармонию в душу человека. Арахлейская вода очень богата целебными свойствами. Микроэлементы, которые содержатся в составе воды и глины, улучшают состояние кожи и волос. Если войти в воду, имея на теле какие-то ранки или царапины, то они заживут гораздо быстрее! Очень благотворно влияет вода на нервную систему в целом – возвращается душевный покой, эмоциональное равновесие. Иногда Арахлей называют «маленьким Байкалом».