Железнодорожного сообщения с поселком Шушенский и заповедником нет, Добираться придется либо на личном авто или же на автобусе.
Удобнее всего — автобусами из Абакана (Республика Хакасия): № 589 или 590 (время отправления 8:15; 10:20; 12:10; 14:20; 15:20; 16:30; 17:45; 18:50). В пути примерно 1,5 часа, стоимость проезда около 120-150 рублей. Расписание лучше уточнять: автовокзал Абакана +7 (390-22) 23-708.
Другой вариант — автобус из Красноярска, который отправляется в 6:30; 9:20, 10:00, 15:00; 21:30; 22:00, но в пути придется провести уже около 8,5 часов, заплатив за билет 820-850 рублей. Автовокзал Красноярска: +7 (391) 274-78-91.
Ближайший населенный пункт к водохранилищу — поселок Черемушки (2 км пешком до Саяно-Шушенской ГЭС). В Черемушки трижды в день из Абакана пребывает автобус №246 (отправление в 6:20, 14:00 и 18:15).
Вход на территорию заповедника со стороны Республики Тывы — через поселок Шагонар, от которого до берега водохранилища около 3 км через горный перевал. Самостоятельно по этому пути добираться, а также ночевать на тувинской стороне крайне не рекомендуется (небольшая, но очень опасная часть местных жителей для туристов представляет реальную опасность).