Обитель монастыря была основана в 1995 году. Однако с момента основания стало популярным местом не только у жителей Омска, но и приезжих из Тюмени, Новосибирска, Томска. Такая тенденция объясняется тем, что это святое место, на котором основан монастырь, имеет чудесные свойства, которые стали известны народу еще три столетия назад.
По информации бывшего настоятеля монастыря отца Савватия, архивные документы свидетельствуют, что история монастыря началась с года основания Омска. В 1720-х гг. в районе созданного города у источника, вода которого была целебная, излечивала от болезней ног и позвоночника, стали появляться первые православные паломники, а уже в 1751 году выстроилась первая деревянная церковь. Тогда в этом месте стояла лишь небольшая деревянная церквушка, привлекавшая внимание ходоков со всех окрестных земель.
Фактически сам монастырь в современном виде, как мы уже и говорили ранее, был основан в 1995 году на базе воссозданного каменного храма Святителя и Николая Чудотворца. Его оригинал был построен в Большекулачье в год окончания Русско-японской войны, в 1905 году. Но не простоял и тридцати лет. В 1936 году храм был разрушен. Однако, он считается преемником самого первого Покровского мужского монастыря, который был создан в 1896 году в Омской, Тарской и Семипалатинской епархии. При Советах на территории Свято-Никольского Мужского Монастыря находился один из лагерей ГУЛАГа. Что-то знакомое? Мы уже рассказывали трагическую историю, связанную со святыми обителями Омской Области – Ачаирским Женским Монастырем, где находился еще один кусочек тюремного архипелага. Вместе с храмом в 1936 году было разрушено церковное кладбище.
Самое первое упоминание о строительстве храма в деревне Кулачинское, нынешнее название Большекулачье, которая появилась возле источника минеральной воды, связано с 1751 годом. Тогда местный житель Иван Миронович Круглов вместе со своими односельчанами поставили деревянную сосновую однопрестольную церковь во имя Святителя и Чудотворца Николая. Уже к 1793 году деревянная церковь с колокольней «сделалась твёрдостиопасной». Тогда, жители села за лето возвели новую деревянную церковь на каменном фундаменте. Однако, пределы здесь были уже были установлены в честь Святых Мучеников Кирика и Иулитты.
В 1989 году Владыка Феодосия дал свое благословление на восстановление храма. Буквально через год было возведено временное покрытие над храмом, затем восстановлена колокольня и шатер над ней. Но уже весной 1994 года, как раз перед самой Пасхой через 60 лет, над селом вновь был слышен колокольный звон. И вот в 1995 году был учрежден Свято-Никольский мужской монастырь. Через два года было разработано оптимальное архитектурно-конструктивное решение однокупольного покрытия центральной части храма со световым барабаном. Оно никак не нарушало архитектурный стиль здания, а также позволяло расширить центральную часть за счет пристройки с южной и северной стороны двух приделов. В 2002 году строительство приделов было окончательно закончено. По благословению северный придел освятили в честь Святых Царственных Страстотерпцев, а южный — в честь Святых Мучеников Кирика и Иулитты. Летом 2007 года над росписью стен южного придела трудился болгарский иконописец Ангел Богданов Радушев.
Сегодня к Свято-Никольскому монастырю относятся Храм в честь Святителя Николая Мирликийского Чудотворца; келейные корпуса братии; трапезная и богадельня; святой источник и часовня в честь иконы Пресвятой Богородицы Живоносный источник (юго-восточная окраина села Большекулачье), три скита: честь иконы Пресвятой Богородицы Неупиваемая чаша (2 км к северу от монастыря), в честь святого Преподобного Александра Свирского (на берегу Иртыша в 5 км километрах от монастыря), в честь Святого Блаженного Василия, Христа ради юродивого, Московского Чудотворца (в селе Вятка Усть-Ишимского района), подворье в честь святого Праведного Симеона Верхотурского (в селе Кайсы в 5 км километрах от Вятской обители.
Ежегодно монастырь активно посещается туристами и паломниками из соседних регионов, а также ближнего и дальнего зарубежья. Наиболее часто посещают храм паломники из Германии, Великобритании, Греции. Свято-Никольский монастырь действительно творит чудеса. Многие, посветив его, избавились от своих тяжелых недугов. Есть случаи, когда одна женщина исцелилась от рака, а другая отказалась от мыслей о суициде. Действительно в этом месте творятся чудеса.