На сегодняшний день музей истории политических репрессий «Следственная тюрьма НКВД» является филиалом Томского областного краеведческого музея имени М.Б.Шатилова.
Музей был учрежден в ноябре 19989 года приказом начальника Управления культуры облисполкома во исполнение совместного решения исполнительных комитетов Томского областного и городского совета народных депутатов от 13 июня 1989 г. «Об увековечивании памяти жертв сталинских репрессий», инициированного областным историко-просветительским обществом «Мемориал» и демократической общественностью Томска.
Место, выбранное под мемориальный музей, было неслучайным. На сегодняшний день музей истории политических репрессий находится в здание по проспекту Ленина,44. В период с 1923 по 1944 годы здесь находилась внутренняя тюрьма Томского городского отдела ОГПУ-НКВД. Отсюда и название мемориального музея.
Фактически создание музея связано с рождением Томского общества «Мемориал», которое выступило одним из инициаторов принятия властями постановления «Об увековечивании памяти жертв сталинских репрессий».
В рамках деятельности исторической секции общества «Мемориал» началась активная компания по сбору и обнародованию материалов о массовых репрессиях на томской земле 1920-1950-х годов. Обществом «Мемориал» была собрана очень большая коллекция воспоминаний, писем, архивных справок о репрессиях и о реабилитации, а также фотографий. На основе этих собранных материалов обществом было организовано несколько передвижных выставок. На сегодняшний день архивный фонд музея «Следственная тюрьма НКВД» состоит из архивного фонда общества «Мемориал».
В 1989 году в сквере, расположенном по проспекту Ленина 42-44, был установлен мемориальный знак «Камень Скорби», а чуть позже – 25 октября 1992 года открыт памятник жертвам террора большевиков на томской земле.
В 1993 году подвальные помещения внутренней тюрьмы НКВД были освобождены и переданы областному краеведческому музею для создания филиала – музея политической истории XX века.
Первым почетным гостем уникального музея «Следственная тюрьма НКВД» стал А.И. Солженицын, который посетил Томск в 1994 году во время своего возвращения из США на Родину. Писатель был под впечатлением от увиденного. В день посещения музея он оставил следующую запись: «Томскому музею политической истории XX века. Радостно ваше начинание, восстановление страшных деталей коммунистического прошлого». Говорят, что эта памятная запись стала напутствием для дальнейшей работы музея.
Работами по ремонту и реконструкции помещений занимались сотрудники Томского областного краеведческого музея, а также членами общества «Мемориал». Благодаря их усилиям и стараниям была разработана концепция постоянной экспозиции музея, включившая в себя экспозицию тюремного коридора и камеры следственной тюрьмы, кабинета следователя, экспозиции «Большой террор 1937-1938 гг.», «Расстрельный крест», «Копашевский яр», комплекса документов о трагических судьбах расстрелянных в Томске поэте Н.А.Клюеве, философе Г.Г.Шпете, профессорах томских вузов и др.
В 1996 году при помощи бывших узников ГУЛАГа В.Т.Митиной, Г.В.Успенского, В.Т.Кремнева, Р.И.Тамариной и многих других была открыта в помещениях музея первая выставка «Творчество в ГУЛАГе». Данная выставка представляла собой экспозицию, повествующую о трагических судьбах некоторых томичей, которые содержались ранее в лагерях архипелага ГУЛАГ. Львиную долю экспонатов занимают вышивки, рисунки, игральные карты, фотоальбом, поделки из дерева и камня. Все это «творчество» было произведено в условиях заключения, а также в часы свободного времени после освобождения из лагеря и реабилитации.
Позже в стенах «Следственной тюрьмы НКВД» появятся различные выставки, среди них несколько экспозиций будут посвящены депортации поляков на территорию Томской области.