Богородице-Алексеевский монастырь – православный мужской монастырь, находящийся в юрисдикции Томской епархии Русской православной церкви.
Существует несколько версий о времени и месте основания монастыря. Один источник гласит о том, что Богородице-Алексеевский монастырь был открыт в 1605, а вот по второй версии— в 1622 году. Однако, точно известно о том, что монастырь существовал в 1630-е годы. По первой версии монастырь появляется спустя год, после основания Томска. Его столь раннее появление в только что основанном городе А. Латышев объясняет правительственными указами, а не вовсе не большим количеством потенциальных насельников, мечтающих удалиться от мира, уединившись с богом в своих молитвах. Первоначальное население Томска состояло из разгульных казаков, корыстолюбивых промышленников, иностранных искателей богатства, высланных поляков, сосланных каторжан, местных татар, «которых обычаи нравились русским, и многоженство нашло и подражателей». «Правительство видело, как необходимо в таком краю заведение благочестивое, подающее пример христианских добродетелей…»
Расположение Богородице-Алексеевского монастыря было не очень удобным. Он стоял прямо у впадения реки Киргизки в Томь. Говорят, что носил тогда название Усть-Киргизский монастырь. По одной из версий монастырь с приходом часто страдал от набегов кочевников. В 1656 году была сожжена церковь Казанской иконы Богородицы, тогда было принято решение перенести монастырь. Старец Ефрем, которого можно считать основателем нового Богородице-Алексеевского монастыря (ранее Усть-Киргизского), посоветовавшись с воеводой и горожанами, подобрал место на реке Ушайка, а именно на Юрточной горе.
Началось строительство новой божией обители. Были устроены подземные склады и ходы к реке Ушайке (на кирпичный свод наткнулись рабочие, производившие земляные работы в начале ноября 1888 года во дворе столоначальника томской казенной палаты В. Б. Орлова, жившего в конце тянувшейся от монастырской ограды к реке Ушайке улицы).
Через пять строительство было окончено. В 1663 году освятили новоотстроенную церковь во имя св. Алексея, человека Божия, и, тогда монастырь стал называться Богородице-Алексеевским. На первоначальном же месте монастыря был воздвигнут памятный крест.
Из Богородице-Алексеевского монастыря осуществлялось руководство прочими восемью сибирскими монастырями, входившими в Томский разряд. Монастырь до 1764 года был единственным в Томской губернии владельцем 400крепостных крестьян, а также обладал земельными угодьями на реках Томи и Оби.
Кроме существования двух противоречивых версий об времени основания монастыря, существуют также спорные моменты о том, когда же монахами была основана больница, а также первая школа, которая и послужила началом для всей системы томского образования. По одной версии, школа при монастыре была основана в 1698 году, а позднее и больница. По иному же источнику, при монастыре сначала была открыта больница, а в 1746 году первая томская школа — Томское русское духовное училище (в 1762 году преобразовано в русско-латинское). Также при монастыре с 1858 года действовала духовная семинария с обширной библиотекой.
Монастырь, как и другие сибирские обители, да и вся сибирская земля, стали местом ссылки нарушителей монастырских уставов. Здесь в нём содержались и светские лица. В начале XVIII века здесь побывал в ссылке Абрам Ганнибал. Думаю, что не нужно разъяснить, кем он был.
Главным монастырским храмом является Казанская церковь, имеющая также приделы в честь Алексия, человека Божьего и святых Флора и Лавра. Первоначально постройка была сделана из дерева, из-за это неоднократно сгорала. В 1789 году построили современное каменное церковное здание в стиле сибирского барокко. В церкви находился особо почитаемый образ Божией матери «Неопалимая купина».
В 1830-е годы монастырь был окружен каменными стенами и башнями-часовнями, по проекту томского архитектора К. Г. Турского. На его территории находились сад, озеро, летние кельи и кладбище, а к югу от монастыря — монастырская роща, которая, увы, сохранилась лишь до начала XX века.
В 1922 году, когда в стране действовал справедливый красный режим, сам монастырь закрыли. Однако, община верующих при Казанском храме существовала еще до 1929 года. Все монахи были арестованы и содержались в братском корпусе, а после закрытия храма вместе с архимандритом были расстреляны на горе Каштак
В 1930 году в помещениях монастыря расположился Индустриально-педагогический институт. Территория обители была использована для строительства новых домов.
Решением Томского облисполкома от 17 февраля 1978 года комплекс монастырских зданий был взят под государственную охрану.
В 1991 году территорию монастыря посетил Патриарх Алексий II, а через год, в 1992 году Казанская церковь и келейный корпус монастыря были возвращены его верующему приходу. Началось регулярное богослужение. 5 июля 1995 года в выгребной яме, на месте разрушенной часовни Федора Кузьмича были обретены его мощи, которые стали самой главной монастырской реликвией. В 1997 году была восстановлена часовня святого.
В 2010 году в келейном корпусе монастыря, некогда бывшем здании архиерейского дома, построенного в 1835 году у южной стороны монастырской ограды, была освящена домовая церковь Трёх святителей. В ней размещён мраморный иконостас, декор церкви выполнен в византийском стиле.