По новому положению 1808 года войско было названо «Сибирское линейное казачье войско». Оно было сформировано для охраны границы, так как регулярные полки из Сибири были выведены. В мирное время Сибирское казачье войско (СКВ) делилось на 10 отделений. В то же время, в военное время войско должно было выставлять 10 конных полков. Подготовка офицеров и урядников происходила в войсковом училище с 1813 года. Служба казака начиналась с 17 лет и продолжалась бессрочно, пока позволяло здоровье. За свою службу казаки получали денежный оклад, а кроме того, продовольствие на себя и сыновей. Также им полагался фураж для лошадей. СКВ снаряжало казаков за свой счёт. Для этого существовало войсковое хозяйство.
Вновь вышедшее в 1846 году Положение закрепило военно – поселенную организацию СКВ. На основании нового документа были определены сроки службы казаков с 19 до 49 лет. Также указывалось, что казаки снаряжались и обеспечивались за государственный и войсковой счёт.
Войсковое землеустройство было начато в 1851 году межевой партией. Были определены нормы земляного обеспечения.
С 1824 по 1882 год происходила колонизация Киргизской степи и Туркестана. СКВ смогло продвинуть свои станицы вверх по правобережью реки Ишим.
Реформирование управления СКВ происходило в 1861, 1868 – 69 годах. В следствие этого в станицах и посёлках было введено самоуправление. Также гражданское управление было отделено от военного.
Таксационное землеустройство СКВ, при котором учитывалось качество угодий, началось в 1877 году. Было проведено межевание станичных земель для дальнейшего распределения между станичниками.
В процессе эволюции казачьего войска были переломные 1890 – е годы. В результате казак – воин превратился в земледельца. Но воинскую службу он по – прежнему отбывал на основаниях, которые отличались от остальных граждан. На основании Положения 1880 года казачья воинская повинность изменилась радикально.
Сибирское казачье войско провело 4 всеобщие мобилизации, которые происходили в 1900, 1904, 1914 и 1919 годах.
Переломным в судьбе СКВ стал 1917 год, когда было решено поддержать демократические реформы. В то же время часть фронтовиков выступили за саморасказачивание. Однако в 1918 – 19 годах СКВ стало опорой Временного Сибирского и Временного Всероссийского правительства. Но так как события стали развиваться не в пользу вновь избранного Правительства, во время Великого Сибирского Ледяного похода большинство стрелковых частей СКВ сдалось. Из Приморья в Китай Сибирская казачья дружина ушла в ноябре 1922 года. Официальная ликвидация СКВ произошла 2 декабря 1919 года. Однако в Харбине до 1945 года было войсковое представительство Сибирского казачьего войска и Сибирская казачья станица.