В 1804 году в Сибири была образована новая территориальная единица – Томская губерния. После этого в состав Бийского уезда вошли земли, которые были заселены алтайскими кочевниками. Задача Томской губернской администрации состояла в том, чтобы выстраивать свою политику в отношениях с местным населением на принципах невмешательства в его жизнь. Освоение Горного Алтая в 19 – м веке происходило при участии Томской епархии и томского купечества.
В составе Бийского округа Горный Алтай был до 1898 года. А с середины 1917 года был в составе Бийского уезда Алтайского округа Томской губернии. В результате административной реформы, проведённой в 1912 – 1913 годах управление было унифицировано, а селения объединены в 31 волость.
Переселение на земли Алтая из других регионов России происходило, начиная с 1865 года. Это способствовало появлению 14 переселенческих посёлков. Земельная реформа 1902 – 1908 годов способствовала тому, что было землеустроено 263 селения с отведением земельных участков.
В конце 19 – го, начале 20 – го века Горный Алтай был аграрным регионом в составе России. Население занималось скотоводством, земледелием и промыслами, среди которых преобладали охотничий и ореховый. Широкое развитие получили такие виды производства, как маслодельное, мукомольное и кожевенное. Развивались в этот период кредитная, производственная и потребительская кооперация.
Чуйский тракт с конца 19 – го века стал главной торгово – транспортной артерией. Вырос объём проходимых грузов. Наряду с ярмарочной торговлей стала развиваться и магазинная. Происходило развитие средств связи – почты, телеграфа и телефона.
Большое значение в конце 19 – го века уделялось грамотности населения Горного Алтая. И если общие цифры по данному показателю составляли 22 – 23%, то в отдельных сёлах они доходили до 60%. Школы в большинстве своём были церковно – приходскими и миссионерскими. Для обучения грамоте взрослого населения функционировали курсы, внешкольные учреждения и культурно – просветительные общества. В свою очередь Алтайская духовная миссия играла большую роль в просвещении народных масс в Горном Алтае, издавая книги и учебники.